На экране ссылок есть кнопка Неиспользованные ссылки. Это покажет вам, какие ссылки не используются, и даст вам возможность удалить их. Это работает в 95% случаев. Время от времени, если там есть общая библиотека, она скажет вам, что она не используется, но это действительно так.
Это полезно для подобных проблем, а не только для Windows Forms.