Получение информации GWAS с помощью R

Question

Я пытаюсь получить информацию о конкретных заболеваниях из каталога GWAS .Это можно сделать непосредственно с веб-сайта путем загрузки электронной таблицы.Но мне было интересно, смогу ли я сделать это программным способом на R. Любые предложения будут с благодарностью приняты.

Answer 1

Извлеките функцию download.file () и пакет rcurl (http://cran.r -project.org / web / packages / RCurl / index.html) - это должно сделать то, что вы ищете

Answer 2

Сначала вам нужно будет загрузить .tsv файлов и вручную отредактировать их.Это связано с тем, что файлы каталога GWAS содержат символы HTML, например § в «болезни Бехчета» (определяющей эту специальную четвертую букву). # в этих символах будет интерпретироваться R как конец строки, поэтому вы получите сообщение об ошибке, например:

line 2028 did not have 34 elements

Итаксначала он открывается в текстовом редакторе, автоматически заменяет каждый # на пустой символ и только затем загружает его в R с помощью:

read.table("gwas_catalog_v1.0-associations_e91_r2018-02-21.tsv",sep="\t",h=T,stringsAsFactors = F,quote="")