Вы недавно включили минификацию CSS / JS? Функциональность по умолчанию для обработки этого может быть изворотливой, если ваши настройки не совсем правильные. Мое рассуждение с этим ответом будет таким: кажется, вы неправильно загружаете CSS или JS.
Попробуйте это:
SELECT * FROM core_config_data WHERE path LIKE '%merge%';
Вы должны получить два результата. Попробуйте установить для них значение 0, если они включены, а затем удалите папку / var /, чтобы очистить кэш.
Дальнейшее устранение неполадок может включать отключение модулей, если вы устанавливали их недавно. За исключением этого, взгляните на Firebug и посмотрите, какие пути создаются для ваших файлов CSS / JS. Это должно дать нам большую подсказку.