Я говорю, что хорошо использовать оба, даже если они делают то же самое.Если кто-то приходит с отключенным javascript, есть большая вероятность, что он по-прежнему будет видеть предполагаемые переходы через CSS, если он работает в последних браузерах, поддерживающих переходы и тому подобное.Просто моя точка зрения на это.
Редактировать: Хорошо, поэтому мои опущенные глаза приняли вопрос за CSS или JQuery.Но все же, было бы неплохо сделать это в CSS-файле и анимации JQuery.Нет реальной пользы, которую я вижу в создании webkit в JQuery.css