Вы можете обрабатывать несколько сеансов в Flask-SQLalchemy:
engine = create_engine(DATABASE_URI)
db_session = scoped_session(sessionmaker(autocommit=False,
autoflush=False,
bind=engine))
db_session.query...()
и
engine2 = create_engine(DATABASE_URI2)
db_session2 = scoped_session(sessionmaker(autocommit=False,
autoflush=False,
bind=engine2))
db_session2.query2...()
, используя одну и ту же кодовую базу.