При условии, что вы не используете Maven, вам обязательно нужно проверить версии сторонних jar-файлов. Вы (или, что более важно, разработчик сопровождения, который придет за вами) должны иметь возможность извлечь версию вашего приложения из хранилища и иметь все правильные версии всех сторонних jar-файлов, требуемых во время компиляции и выполнения.
Вы также должны поддерживать историю версий сторонних jar-файлов, чтобы помочь разработчику технического обслуживания. Регистрация их в хранилище - самый простой и эффективный способ сделать это.