Если все запросы медленные, SET NAMES может иметь очень низкий приоритет на сервере и, следовательно, ждать, пока нагрузка не прекратится. Если у вас есть много других запросов, выполнение которых занимает много времени, вы можете сначала попытаться оптимизировать их.
Другим решением этой «проблемы» может быть добавление этого в ваш my.cnf на сервере:
[mysqld]
init-connect = 'SET NAMES utf8'
Это гарантирует, что для набора символов будет установлено UTF-8, когда клиент подключается, поэтому клиенту не нужно ждать результата этого «запроса». Возможно, вы хотите отключить запрос SET NAMES в своем программном обеспечении.
В основном, я бы не стал сильно волноваться, если бы у вас не было МНОГО SET NAMES, которое занимает столько времени.