Альтернативой переписке с именем или GUID является обход фактического app.config и использование простого XML-файла в качестве конфигурации. LINQ to XML делает это легко, и вы можете отключить контекст выполнения, чтобы получить расположение файла, чтобы файлы конфигурации оставались отдельными.