Моно-esque способ добавить большинство (если не все, не уверен) "опций манифеста" через атрибуты класса, реализующего действие (или службу).
Плагин Visual Studio Mono автоматически создает манифест, поэтому лучше не
вмешиваться вручную (я уверен, что есть случаи, когда нет другого выбора).
Например:
[Activity(Label="MonoDroid App", MainLauncher=true, Permission="android.permission.WRITE_EXTERNAL_STORAGE")]
public class MonoActivity : Activity
{
protected override void OnCreate(Bundle bindle)
{
base.OnCreate(bindle);
}
}