В основной функции вашей работы после ее завершения вы можете программно брать счетчики с работы и затем сохранять их в HDFS.
Таким образом, ваш код в основном будет выглядеть так:
...
job.waitForCompleteion();
// read counters looks something like this:
Counters c = job.getCounters();
Counter cnt = c.findCounter("YouCounterName");
// counter has getName() and getValue() methods
...
// save to hdfs
...