Если вы строите линию, я бы рекомендовал использовать color_line из MATLAB Central. Вам все равно нужно будет установить требуемую цветовую карту, но, используя этот метод, вы строите одну линию в соответствии со значением.
Единственный недостаток использования логической индексации для разделения данных состоит в том, что при их построении они обрабатываются как отдельные блоки данных. Многие инструменты построения графиков будут работать только с одним набором данных, добавят легенду, и вы получите один элемент для каждого набора данных.
С color_line это будут разные цвета, но они будут обрабатываться как один элемент данных.