Как выглядит ваш файл site.php?
Я запускаю множество сайтов cms из подкаталогов, и мой файл htaccess довольно стандартный:
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
</IfModule>
Я выполняю специфичные для каталога настройки в файле site.php в каталоге config.
define('BASE_URL', 'http://domain.com');
define('DIR_REL', '/dirname');