Я зависит от того, для чего вам нужна информация. Если вам нужно, чтобы оно было сохранено в отношении других строк / сущностей, и вы хотите, чтобы оно было согласованным, я бы сохранял дату в PHP (возможно, один раз для каждого запроса в веб-приложении), а затем использовал бы ее повсюду, например,
$currentTimestamp = time();
$timestamp = mysql_query("INSERT INTO column1 (entry1, entry2, timestamp_col)
VALUES ('$entry1', '$entry2', $currentTimestamp);
Таким образом, везде, где вы используете метку времени, оно будет согласованным. Ваш запрос не должен занимать секунды, чтобы отметка времени изменилась в нем.
Даже если вы не сохраняете его для чего-либо еще, вы все равно можете использовать этот метод, если вам нужно получить эту информацию, поскольку единственный другой способ - это два запроса, и это, скорее всего, будет более эффективным.
Это не значит, что никогда не имеет смысла автоматически заполнять поле даты MySQL, поскольку вы просто регистрируете эту информацию для последующего извлечения, тогда, конечно, имеет смысл сделать это в MySQL.