В одной функции вы используете объект View из ресурса макета, а в другой вы создаете новый объект View.Если вы измените свою вторую функцию на работу, аналогичную первой, вам не нужно создавать новый View или вставлять его в средство визуализации.
Я бы предложил изменить ваш код следующим образом:
protected function _initNavigation()
{
$this->bootstrap('layout');
$layout = $this->getResource('layout');
$view = $layout->getView();
$navigation = new Zend_Navigation($this->getOption('navigation'));
$view->navigation($navigation);
}
protected function _initjQuery()
{
$this->bootstrap('layout');
$layout = $this->getResource('layout');
$view = $layout->getView();
$view->addHelperPath("ZendX/JQuery/View/Helper", "ZendX_JQuery_View_Helper");
}