Ну, во-первых, поскольку вы используете jQuery, сделайте это без встроенного js:
$('input[type=checkbox]').click(function(){
var checkbox = this;
if (checkbox.checked) {
$("#message1").stop(true, true).show().fadeOut(10000);
$("#message2").hide();
}
else {
$("#message1").stop(true, true).hide();
$("#message2").stop(true, true).show().fadeOut(10000);
}
});
. Просто выполнение этого может решить проблему IE
Fiddle: http://jsfiddle.net/maniator/xMSwQ/5/