вы можете подписать вручную, используя mage.exe из инструментов Framework, есть cli и версия mage с графическим интерфейсом. Я использовал инструмент командной строки для изменения порядка пакетов во время сборки, и он прекрасно работает, я думаю, что cli должен предоставить способ проверки хешей.
Но, кстати. если вы измените какой-либо файл, вам придется отказаться от всего пакета.