Это будет из-за контекста безопасности, я бы подумал.
Запуск его из VWD выполняется в контексте безопасности, запуск «напрямую из IE» будет выполняться в другом контексте (Традиционно IUSR_MachineName)
В одном сценарии у вас есть учетная запись, у которой есть разрешения, а в другом - нет.
Я бы порекомендовал создать служебную учетную запись, чтобы выполнить работу, и предоставить ей как можно меньше разрешений.*