К сожалению, то, что вы хотите, не просто. Какие аудио / видео кодеки находятся в вашем файле QuickTime (.mov)? Чтобы охватить все основные платформы и браузеры без Flash, вам нужно будет несколько раз кодировать файл (и все равно следует использовать Flash как запасной вариант для старых браузеров). Хорошее введение в кроссплатформенное воспроизведение видео:
http://diveintohtml5.ep.io/video.html
Подводя итог, можно сказать, что основными опциями видео / аудиокодека являются VP8 + Vorbis, H.264 baseline + AAC и Theora + Vorbis. К сожалению, если вы хотите получить доступ ко всем последним версиям всех основных браузеров, вам нужно будет предоставить файл, закодированный во всех трех из этих форматов (вы можете перечислить несколько версий в теге HTML5). Если вы хотите использовать Flash, вы можете уменьшить его до одного базового + HAC-файла H.264 (в контейнере .mp4), воспроизводимого Flash везде, кроме iPhone, где он будет воспроизводиться в теге.
Извините, что не дал простой ответ, но это сложно. FFmpeg - это инструмент, который используется для перекодирования вашего файла в эти разные форматы.