Конечно, это зависит от каждого проекта, но я обычно делаю 6 секций просмотра: Открыть, Верхний колонтитул, Навигация, Тело, Нижний колонтитул, Закрыть:
$this->load->view('open', $data);
$this->load->view('header', $data);
$this->load->view('nav', $data);
$this->load->view('body', $data);
$this->load->view('footer', $data);
$this->load->view('close', $data);
- открытие содержит метаданные, html-тег открыт, javascript включает и css включает.
- Заголовок содержит заголовок моего сайта.
- Тело это, очевидно, тело
- Нижний колонтитул - это нижний колонтитул
- close - это любая аналитика и закрывающее тело, голова и т. д.
По возможности разделять, не запутывая, или дублировать код.
Редактировать: @Wesley наиболее прав, однако, вам следует использовать библиотеку шаблонов.