Учитывая ваши намерения, Google Analytics разделит сборы данных с обоих сайтов, даже внутри iFrame.
Только 2 вещи, на которые нужно обратить внимание:
- UA должны быть разными для обоих сайтов.
- P3P : некоторые браузеры не позволяют сайту внутри iFrame записывать файлы cookie, так как это будет считаться сторонней организацией, поэтому вам придется использовать P3P, чтобы это исправить.