Если вы хотите, чтобы флажки были отключены, вы можете использовать атрибут disabled
:
<input type="checkbox" disabled="disabled" />
Если вы хотите отключить флажок, когда он установленнажал, с JQuery, вы можете сделать это:
$("input[type=checkbox]").click(function() {
$(this).attr("disabled", true);
});