Зависит от ряда вещей (например, если у вас есть прямой доступ к серверу (ам)). Я склонен экспортировать свою структуру базы данных в виде сценария SQL и выполнить ее для рабочей базы данных. Затем я «публикую» сайт с помощью VS и скопирую его в виртуальный каталог на веб-сервере.
Если я передаю приложение клиенту, я склонен использовать WiX или проект развертывания VS для упаковки приложения в установщик.