Простой ответ - прекратить использовать синтаксис Replace.Это приводит к удалению старой записи, а затем к добавлению новой ... что увеличит ваш индекс.
Используйте синтаксис UPDATE для обработки конфликтов вместо
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Если вы действительно неравнодушны к синтаксису «Заменить», это обойдется вам дорого.Вам нужно будет написать дополнительный код, который обновит все предыдущие вхождения старого индекса в новый.Не слишком сложно, но это исправит проблему синхронизации индексов
Документация [Перечислено в разделе REPLACE немного вниз по странице]: http://www.sqlite.org/lang_conflict.html