Вы можете создать что-то вроде секций сеанса, используя разные ключи для каждого приложения.Вам просто нужно убедиться, что ключи уникальны.Каждый раз, когда вы сохраняете некоторые данные в сеансе, сохраняйте их в соответствующем разделе, например:
//save the ids into db or configuration file after it's generated
$app1id = uniqid('fbApp');
$app2id = uniqid('fbApp');
//Save data for application 1
$_SESSION[$app1id] = array('app' => 'data');
//Save data for application 2
$_SESSION[$app2id] = array('app' => 'data');