Теги JSP выполняются на стороне сервера и генерируют HTML. JavaSCript выполняется на стороне клиента в браузере и манипулирует HTML DOM.
Флажки HTML, сгенерированные тегами Spring, ничем не отличаются от всех других флажков и, конечно, имеют атрибут checked
. И вы можете изменить его с помощью JavaScript. На стороне клиента вам все равно, является ли HTML статичным, сгенерированным Spring, PHP или чем-то еще. HTML есть HTML.