Мое решение состояло в том, чтобы анимировать цвет, видимый пользователем (то есть цвет родительского элемента), а затем установить исходный цвет (который может быть или не быть «прозрачным») после завершения анимации
var $t = $(some selector);
var seenColour = findColour($t, 'background-color');
var origColour = $t.css('background-color');
$t.css('background-color', '#ffff99');
$t.animate(
{backgroundColor: seenColour},
4000,
function(){ $t.css('background-color', origColour)}
);
function findColour($elem, colourAttr)
{
var colour = $elem.css(colourAttr);
if (colour === 'transparent')
{
var $parent = $elem.parent();
if ($parent)
{
return findColour($parent, colourAttr);
}
// Default to white
return '#FFFFFF';
}
return colour;
}