Исходя из вашего описания, я предполагаю, что вы хотите отрегулировать положение.
Попробуйте:
legend(x_position, y_position, legend=c("mm8_12598_altPromoter","mm8_1457_starngeSplice",
"mm8_148_atac_Intron","mm8_1599_altFinish","mm8_2646_altThreePrime",
"mm8_2953_retainedIntron","mm8_8308_cassette_exon","mm8_8645_bleeding_exon",
"mm8_altFivePrime_1404"), col=linecols, pch=15, bty="o")
И вы можете поиграться со значениями, пока не получите правильное значение.