Нет, вы не можете обновлять только одну сущность одновременно с помощью мастера обновления модели из базы данных.
Вы можете сделать резервную копию вашего edmx, обновить его, открыть его как файл XML (щелкните правой кнопкой мыши> Открыть с помощью> Редактор XML (текст)), скопировать измененные разделы о вашей сущности (в csdl, msl и ssdl разделы) и вставьте их в резервную копию.