UIImagePicker поддерживает изображения с альфа-каналом, как заявляет Kangoo в своем ответе.
Однако условия для его правильной работы сложнее, чем просто загрузка изображения через браузер в библиотеку фотографий.
Прежде всего, имеет смысл использовать средство выбора изображений iOS, чтобы выбирать только из Camera Roll. На устройстве iOS можно сохранять изображения из Mail или Safari в Camera Roll, а другие приложения, поддерживающие изображения с альфа-каналом, позволяют сохранять в Camera Roll.
Изображения в остальной части библиотеки фотографий, кроме Camera Roll, могли бы быть получены при синхронизации iTunes. И это проблема. Хотя iPhoto в OSX поддерживает изображения PNG с альфа-каналом, при синхронизации iTunes эти изображения передаются на устройство iOS, прозрачные области фона изображения становятся непрозрачными белыми.
Во-вторых, если вы настроите средство выбора изображений iOS для разрешения редактирования (квадратная обрезка, перемещение, масштабирование), тогда прозрачные области фона изображения станут непрозрачными черными!
Но если вы настроите средство выбора изображений iOS, чтобы НЕ разрешать редактирование, и выберете изображение из Camera Roll, тогда выбранное изображение (UIImage) может иметь альфа-канал.
В выбранном UIImage используйте CGImageGetAlphaInfo (pickImage.CGImage), чтобы получить CGImageAlphaInfo, и, если эта информация не является (kCGImageAlphaNone или kCGImageAlphaNoneSkipFirst или kCGImageAlpha * 1014, имеет изображение альфа-канала), тогда у него есть изображение alphaFlFN.