Прежде всего, вы действительно имеете в виду WSDL ? Я с трудом представляю себе систему, которая изменяет WSDL (контракт веб-сервиса, другими словами, описание интерфейса) при изменении в базе данных (хотя, конечно, это возможно).
При этом я предполагаю, что меняется ответ веб-службы. Похоже, вы используете JPA. Большинство провайдеров JPA добавляют некоторый уровень кэширования. Например. в Hibernate есть кеш L1, кеш L2 и кеш запросов. Если вы изменяете базу данных вручную, JPA не знает об этих изменениях и по-прежнему обслуживает старые данные.
Укажите, какого провайдера JPA вы используете, обычно есть способ очистки кэшей вручную (в провайдере или в библиотеке кэширования).
ОБНОВЛЕНИЕ: Оказалось, что вы используете EclipseLink. Пожалуйста, попробуйте очистить кэш с помощью следующего кода:
org.eclipse.persistence.jpa.JpaHelper.
getEntityManager(entityManager).
getEntityManagerFactory().
getCache().
evictAll();
Теперь самое сложное - когда его вызывать? Лучшее решение - выполнять эту функцию каждый раз, когда вы изменяете базу данных напрямую. Вы упомянули, что PHP-скрипты напрямую изменяют базу данных. Вызов Java из PHP может быть достигнут, например, с JMX и Jolokia или вы можете предоставить еще один веб-сервис SOAP.
Другим решением является периодическая очистка кэша, если вы можете какое-то время жить с устаревшими данными. С другой стороны, очистка кэша при каждом обновлении может быть причиной снижения производительности.