Скорее всего, вы имеете дело с двумя разными проблемами.Что касается нерабочих ссылок, самый простой способ справиться с этим - добавить в раздел HEAD вашего всплывающего окна или конкретную цель для каждой ссылки.
Другой подход, например, включает в себя ассоциирование событий javascript onclick для открытияновые вкладки браузера со связанным URL.