Если замена исполняемого файла происходит атомарно с помощью системного вызова rename (), то он должен работать так, чтобы запущенная программа продолжала использовать старый исполняемый файл. OTOH, если замена происходит путем записи фрагментов в существующий исполняемый файл, это может повлиять на работающий исполняемый файл.
FWIW, это не имеет ничего общего с fortran, pbs или крутящим моментом, а скорее связано с семантикой файловой системы POSIX. Файловые системы POSIX - это, по сути, хранилища объектов с подсчетом ссылок, с delete-on-last-close. Когда вы заменяете исполняемый файл на rename (), счетчик ссылок старого исполняемого файла уменьшается на единицу, поскольку каталог больше не имеет ссылки на него. Тем не менее, исполняющая программа по-прежнему содержит ссылку и может продолжать использовать ее. Новый исполняемый файл представляет собой отдельный объект с собственным счетчиком ссылок.