Нет идеального ответа.Если ваш сайт настроен правильно, разница в производительности не должна быть большой.
Хотя возможны споры по этому вопросу, все сводится к тому, чувствуете ли вы себя более комфортно в тематической сфере и предпочитаете создавать шаблоныили область кодирования и предпочитают создавать функции в template.php.