Возможно, вы захотите подумать о настройке своего приложения для Logging Facade, который позволяет перенаправлять все журналы приложений из Log4j и Apache Commons Logging через один источник. Если сторонний jar решил использовать Apache Commons, то ничто иное, как обратный инжиниринг или настройка доступного кода FOSS, не заставит его использовать Log4j напрямую.
Чаще всего распространяемые библиотеки Java будут регистрировать через Logging Facade, а не напрямую через Log4j или аналогичную реализацию ведения журнала, потому что они не хотят ненужных зависимостей, хотя ИМХО это всегда было вопросом путаницы и боли для меня. По сути, Apache Commons - это Фасад лесозаготовок, но он отстой, поэтому я понимаю, почему вы хотите от него отказаться.
Обратите внимание на SLF4J, последние версии Hibernate требуют этой зависимости, поэтому, если вы используете Hibernate, у вас, вероятно, уже есть это в вашем classpath.
http://www.slf4j.org/