Оберните все сценарии, которые вы используете, в условный комментарий:
<![if gt IE 6]>
<script type="text/javascript"...></script>
...
<![endif]>
Для браузеров, отличных от IE, условие полностью игнорируется, а элемент script
обрабатывается нормально. В IE условное вычисляется, и элемент script
обрабатывается, если IE «больше» 6. Подробности здесь. Одним из преимуществ этого метода является то, что IE6 и ниже даже не потрудятся скачать файл скрипта.