Я думаю, что эта ситуация не имеет ничего общего с автокоммитами. Если они не слишком большие и не требуют значительных накладных расходов, игнорируйте их, потому что они не нарушат последовательность. Все ваши редукторы делают для выполнения запросов SQL, как вы можете запретить им выполнять запросы для тех же ключей? Я думаю, что вы должны решить эту проблему в своей функции mapreduce, потому что это не тот случай, когда СУБД может справиться, поскольку все, что она делает, это выполняет данный запрос в базе данных.