Я обычно нахожу полезным хранить файлы репозитория на сервере, так как он помогает отслеживать, какая версия онлайн и облегчает обновления, если вы не создаете пакеты для своего приложения.В любом случае 100M не так уж много на большинстве жестких дисков.
Если вы действительно хотите загружать файлы в одиночку, без информации о репозитории git, вы можете просто клонировать свое приложение в другом месте и удалить все файлы git.
Из корня можно запустить:
find . -name .git | xargs rm -Rf