UrlConnection не нужно ничего делать с тегом noscript, фактически это невозможно. UrlConnection просто получает контент, не пытается его анализировать и что-либо делать с JS / HTML и т. Д. Это всего лишь текстовые данные, насколько это важно.
Когда noscript вступает в игру, это когда вы идете рендеринга контента.
Оставьте свой комментарий к своему вопросу - когда вы отключаете JS и переходите по этому URL, вы по-прежнему получаете тот же контент, что и при запросе URL с включенным JS. Если вы посмотрите на HTTP-ответ, похожий на firebug, вы увидите, что он всегда одинаков. Это движок рендеринга, который делает что-то другое, поэтому вам нужно посмотреть, где ваше приложение отображает контент, и посмотреть, сможете ли вы отключить JS там.