Просто интересно, что такое стандартная практика. Удаление этих папок перед загрузкой упрощает сортировку загруженных файлов и уменьшает количество файлов и размер проекта (более быстрая загрузка). Однако загрузчик должен перестроить его, чтобы запустить его в выбранной им среде IDE (в данном случае VC #).
Скорее всего, у меня будет отдельная загрузка для скомпилированного двоичного файла, так что я думаю, что удаление папок bin и obj было бы желательным? Кроме того, удаление этих папок приводит к удалению всех exe-файлов и скомпилированных файлов из исходного кода, чтобы они могли без проблем использоваться такими службами, как Gmail (Gmail не позволяет отправлять исполняемые файлы по электронной почте).