Если я правильно понял вопрос, вы хотите указать, когда плагин сборки должен запускаться или нет. В этом случае вам следует подумать о создании профиля сборки и добавить конфигурацию подключаемого модуля сборки в новый профиль.
В pom.xml добавить:
<project>
...
<profiles>
<profile>
<id>myprofile</id>
<build>
<plugins>
<plugin>
<artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
<executions>
<execution>
<phase>package</phase>
<goals>
<goal>single</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
<configuration>
<archive>
<manifest>
<mainClass>package.Program</mainClass>
</manifest>
</archive>
<descriptorRefs>
<descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
</descriptorRefs>
</configuration>
</plugin>
</plugins>
</build>
</profile>
</profiles>
...
</project>
Когда вы хотите, чтобы maven запустил плагин сборки, вы можете использовать ключ -P для сценария 'mvn', например так:
mvn -Pmyprofile clean package