Я предполагаю, что вы не открывали свой текстовый файл в двоичном режиме. Некоторые байты будут изменены, когда вы будете записывать данные в текстовом режиме (прежде всего, последовательность байтов в конце строки), и эти изменения будут игнорироваться Блокнотом, потому что он думает, что все является текстом. Попробуйте использовать comp (я думаю, что это правильная команда), чтобы сравнить ваши файлы, а не Блокнот.