Все, что с компонентами, написанными на C (например, NumPy, который является компонентом SciPy), не будет работать на IronPython, так как интерфейс внешнего языка работает по-другому. Любой компонент языка Си, вероятно, не будет работать, если он не был явно перенесен для работы с IronPython.
Возможно, вам придется покопаться в отдельных модулях и проверить, какие из них работают или являются чистым Python, и выяснить, какие из них, если какие-либо из них, были портированы.