ProcessBuilder.start () не ожидает завершения процесса.Вам нужно вызвать Process.waitFor (), чтобы получить такое поведение.
Я провел небольшой тест с этой программой
public static void main(String[] args) throws IOException, InterruptedException {
new ProcessBuilder("notepad").start();
}
При запуске в NetBeans он все еще работает.При запуске из командной строки с помощью java -jar он сразу возвращается.
Таким образом, ваша программа, вероятно, не ожидает выхода, но ваша IDE заставляет это выглядеть так.