Вы можете использовать Runtime.exec
public Process exec(String[] cmdarray,
String[] envp,
File dir)
throws IOException
Выполняет указанную команду и аргументы в отдельном процессе с указанной средой и рабочим каталогом.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Как указывают Joachim и andypandy, ProcessBuilder имеет более гибкий интерфейс, и если вы работаете на JDK7 или более поздней версии, предоставляет поддержку для настройки дескрипторов файлов подпроцесса. *
Запуск нового процесса, который использует рабочий каталог по умолчанию и среду, очень прост:
Process p = new ProcessBuilder("myCommand", "myArg").start();