Похоже, что у вас уже есть непрерывная интеграция, и это действительно первый шаг в этом - чтобы все разработчики знали о нарушении сборки как можно скорее.
Если нет, ознакомьтесь с информацией о JetBrains Team City, круиз-контроле или групповой сборке Microsoft Team Systems.
В зависимости от вашего сервера управления версиями, вы также можете настроить политики регистрации. Поэтому, если конкретный файл зарегистрирован и генерируется предупреждение.
Но обычно я делюсь как можно большим количеством кода через связанные файлы. Если вам нужно иметь разный код между этими двумя, надеюсь, тонкие различия, вы можете сделать #IFDEFs для различного кода.
Извините, но на этот вопрос нет простых ответов.