Самый простой способ - запустить прямую команду sql:
DELETE options FROM eav_attribute AS attribute INNER JOIN eav_attribute_option AS options ON attribute.attribute_id = options.attribute_id WHERE attribute.entity_type_id = 4
Где "4" - это entity_type_id для catalog_product (дважды проверьте это значение в таблице eav_entity_type для entity_code 'catalog_product')