Проблема в том, что он читает первый int, а затем остаток первой строки.
В основном:
15 \ na строка здесь \ n другая строка здесь
Где \ n - это новая строка.
Он читает 15, затем читает \ n, что означает "" (без символа новой строки).Остальное читается так, как вы ожидали.
Попробуйте использовать:
numberWords = Integer.parseInt(inputFile.nextLine());
Вместо
numberWords = inputFile.nextInt();