Ах, оказывается, это было так:
ui.draggable.animate({
top: '+=' + top_end,
left: '+=' + left_end
});
Добавление длительности к анимации исправило мерцание:
ui.draggable.animate({
top: '+=' + top_end,
left: '+=' + left_end
},200);
В любом случае, спасибо!:)