Для подобных вещей, которые Xcode не инстинктивно или прилично делает, я обычно прибегаю к использованию параметров командной строки.
Для всего каталога, такого как пакет, используйте Терминал, чтобы cd указать каталог, в котором находится пакет, а затем выполните svn add Settings.bundle или git add Settings.bundle или любую другую настройку управления исходным кодом, которую вы используете.
И как только он будет зарегистрирован, зафиксирован и отправлен, Xcode сможет отлично управлять файлами в этом каталоге.