В вашем дистрибутиве, вероятно, есть другие патчи, которые применяются к vim для соответствия вашей среде. Собирая его самостоятельно, вы упускаете всю ту работу, которую они проделали, чтобы она соответствовала вашей системе.
Вы, вероятно, должны выяснить, как компилировать, используя дистрибутивную систему, а не с нуля. Как только вы сможете скомпилировать версию и набор патчей из вашего исходного дистрибутива дистрибутива, вы можете настроить этот процесс, добавив другой патч, и все должно получиться более гладким для вас.